近年來港片式微，《使徒行者》的強勢歸來，好看的故事加上斗智的內容，成為觀眾熱議的話題，在票房一路高歌的同時，電影中的不少橋段也讓影迷們腦洞大開——由于劇情反轉較多，引發觀眾對人物和劇情做出多種猜測。作為一部警匪臥底電影，在電影《使徒行者》中，臥底真身是故事最大謎底，在電影前半部分，古天樂飾演的邵志朗疑點重重，他的種種行為舉動都暗示著他就是臥底Black Jack。而隨著劇情的發展，觀眾驚奇地發現，Black Jack其實另有其人，那么，邵志朗為什么要冒任臥底?電影中的真假臥底，也引起了觀眾的討論。

西安影迷李小林認為，“邵志朗之所以要冒任臥底，一方面是為了截下黑幫毒品，另一方面，為了自己有保護傘，能夠得到警察的保護。”另一位影迷馬軍認為，“在電影里，藍博文(張家輝飾)的檔案已經被損壞無法復原了，所以邵志朗才鋌而走險冒任臥底和警方聯系，想要通過警方獲取消息，從而吞掉貨物上位。”此外，片中藍博文的身份和他在生命最后的喃喃自語，都引發了觀眾的眾多猜測。

在電視劇《使徒行者》中，警長康道行是臥底聯系人，因為他的意外死亡導致了五位臥底失聯，康sir是劇版的重要人物，也是故事的起源。在影版《使徒行者》中，藍博文(張家輝飾)的身份也引發了影迷的各種猜想，有人認為，藍博文就是康sir的兒子!證據一：在劇版《使徒行者》中，康sir曾玩過魔方，當時康sir說這是他兒子教給他的，而在影版《使徒行者》中，魔方是藍博文的重要角色道具;證據二：在電影中，釘姐曾提到康sir的兒子叫“博仔”，在結尾處的對話中，藍博文則自稱“博仔”，名字可以對應;證據三：在電影結尾處，藍博文小時候照片曝光，正是在暗示他是康sir的兒子。

不過，細心的網友則發現了這一假設中的年齡Bug，如果生于1969年的康sir是藍博文的爸爸，那么真是逼著觀眾們腦補由張家輝所出演的藍博文是個90后。然而，藍博文是康sir兒子這一大膽猜測則被導演文偉鴻否定了，導演表示：“(那些魔方劇情)劇情只代表阿藍也曾經聽過康sir講他兒子教他玩特色魔方而已。

在電影結尾處，浴血奮戰的藍博文倒在街上，在生命的最后，他口中喃喃自語，觀眾卻無法聽清他嘴中的臺詞，有觀眾認為，在此處，藍博文對邵志朗說的是“You are Black Jack!”表明了臥底身份的傳遞，藍博文留給邵志朗一個警察身份。也有腦洞大開的網友對影片中的“兄弟情”入戲太深，認為生命彌留之際，藍博文對邵志朗說的是“愛過”。