佛羅倫薩陷入危機達芬奇征用衛兵號 達芬奇假扮利拉奧伯爵征用衛兵號，船長擔心利拉奧伯爵對自己不利就同意啟航。這時候阿方索伯爵來到，達芬奇不知道的是阿方索和利拉奧伯爵是好朋友揭穿達芬奇，達芬奇無法力敵跳下船，臨跳之際把一把匕首扔進關了人的牢籠中。 洛倫佐重新掌管佛羅倫薩，雅可波·帕奇被暴民殺死，弗蘭切斯科·帕奇和奧爾西尼主教被絞殺，教皇聽到消息卻反常的高興不已，因為教皇認為他們絞死了上帝的奴仆主教有機會可以反擊，把佛羅倫薩城所有的男男女女都開除了教籍。這一舉動，無疑是斷絕了眾城市對佛羅倫薩的貿易往來，如此一來佛羅倫薩很可能就會成為聯盟的犧牲品，重傷未愈的洛倫佐沒有辦法決定秘密前往那不勒斯直接去見費蘭特國王及朝臣，克拉麗絲全權處理佛羅倫薩的一切政務。 達芬奇唯一的希望就是衛兵號，達芬奇想要釋放船上所有的奴隸，利用奴隸的暴亂他們就可以成功奪下船只。達芬奇想盡辦法能設計出一只船只可以飛快行駛追上利拉奧的船。達芬奇從魚中獲得靈感制造出一個原始的潛水艇前去追趕衛兵號，可是潛水艇有點輕微滲水。經過重重困難，達芬奇終于成功登上衛兵號，釋放出奴隸，可這同時也就得罪了那不勒斯，達芬奇開始前往新世界的旅程。 盧奎西婭劫持梵蒂岡密卷的保管人告訴他在圣天使城堡中教皇囚禁著一個對他來說至關重要的人。主教在地牢中找到了弗蘭切斯科·德拉·羅維里，這個人才是真正的教皇，這一下震驚了主教，原來趁著弗蘭切斯科當上教皇的時候，一個跟他一模一樣的亞歷桑德羅貍貓換太子提他當上教皇。原來，盧奎西婭是真教皇的親生女兒，這也是她為什么會被控制當間諜的原因。