標題「代號黑色」是一家洛杉磯縣醫院急診室（號稱是全美國最繁忙的醫院）對特殊情況的稱呼——當大量病人涌入醫院，院方沒有足夠的人手治療所有病人時，其中一些病人可能因此死亡。醫護人員只能拼盡全力去搶救病人，但最終的結果可能要聽天由命。主人公是四名剛剛加入該醫院急診團隊的醫生，他們一方面艱難地面對有嚴重缺陷的醫療系統，另一方面竭力保護自己的理想并救治那些最需要他們的病人。很顯然，他們在課堂中和書本上學到的東西和真正的急診室有著天壤之別，更別提那些形形色色的急診室員工……他們有的會輔導他們，有的會教育他們，但有的會恐嚇他們。住院部主任Leanne Rorish醫生（Marcia Gay Harden）處在所有混亂的「中心位置」。沒有任何人敢輕視或忽視她，仿佛她天生就是個領袖。她專門在醫院為最危重病人保留的「中心病房」實施高風險手術，并以不敗的神話而享譽盛名。她最近剛剛接受了訓練四名新住院醫生的任務——Christa Lorenson（Bonnie Somerville）、Malaya Pineda（Melanie Kannokada）、Mario Savetti（Benjamin Hollingsworth）和Angus Leighton（Harry M. Ford）。Christa曾是中產階級的專職媽媽，兒子死于癌癥。她現在是一個剛剛走上新崗位的、有天賦的、專注事業的醫生。她在幫助兒子對抗癌癥的過程中積累了不少醫學經驗，再加上她敏感的直覺和多年的生活閱歷，使得她看問題的角度和別人不一樣。那些年輕醫生忽視的細節，往往逃不過她的眼睛。Malaya剛剛在這個繁忙的急診室內開始自己的實習醫生職業生涯。Mario初來乍到，為人熱心但驕傲自大。急診室里的高級護士Jesse Sallander（Luis Guzman）是Leanne最親密的知己，和善可親但為人強硬，見過各種大場面，最討厭別人胡鬧。他為四名新來的住院醫生服務，但他更像是他們的管家。用他自己的話來說，「在接下來的三年里，我就是你們的老媽……你們的老媽當然知道你們何時在撒謊，何時會哭泣，何時要喪命。」優秀的醫生Neal（Raza Jaffrey）也在急診室里工作，他有時對Leanne的「牛仔」風格并不贊同。他認為醫生和病人在感情上取得共識對治療疾病至關重要，任何用病人的生命冒險的行為都是可惡的。急診室里的另一名醫生Rollie Guthrie（William Allen Young）則是個精力充沛、積極進取、已經干了很多年的主治醫生。在「中心病房」里，只有爭分奪秒才能搶救生命。現代醫學體系已經無法應對「人滿為患」的局面，這些英勇的醫生和護士們唯有用速度和技能來幫助他們。通常這些患者到這里來只有兩種原因——要么在這里等死，要么期待奇跡的發生。